Amino Asitler Biyokimya
Amino asitler, yapılarında hem amino grubu (NH2) hem de karboksil grubu (COOH) içeren bileşiklerdir.
Fizyolojik pH’da, amino asitlerin amino grubu proton taşır ve pozitif yüklüdür; karboksil grubundan ise proton ayrılmıştır ve negatif yüklüdür
Amino asitlerin yapısında bir karbon atomunun dört valansına dört farklı grup bağlanmıştır. Bu gruplardan üçü (-COOH, -NH2 ve -H) değişmez.
• Karbon atomunun 4. valansına bağlanan R grubu ise değişerek çeşitli amino asitlerin türemesini sağlar.
• R grubuna amino asidin yan zinciri denir. Amino asitler, amino grubunun karboksil grubuna göre bulunduğu pozisyona bağlı olarak D ve L amino asit şeklinde adlandırılırlar
D ve L simgeleri amino asitlerin polarize ışığı sağa yada sola çevirdikleri anlamına gelmez, sadece D ve L-gliseraldehide benzerliklerine göre amino asitlerin D ve L serisine dahil olduklarına işaret eder.
• Doğal olanları L-serilerdir ve canlı organizmalar daima L-amino asitleri kullanırlar.
• Bitkisel ve hayvansal proteinlerin kuruluşuna sadece L-amino asitler katılırlar.
• D-amino asitleri ise genellikle bakterilerin hücre duvarlarında bulunurlar (D-glutamik asit vb).
• Bazı insekt larvalarından yada krizalitlerinden elde edilen D-alanin ve yer solucanından elde edilen D-serin diğer örnekleri oluştururlar.
Doğada 300 kadar farklı amino asit bulunmaktadır.
Standart Amino Asitler
Protein yapısında yer alan 20 amino asit doğada yaygın olarak bulunur.
Amino asitlerin standart amino asitler diye bilinen 20 tanesi, DNA tarafından kodlanan ve proteinleri oluşturan birimlerdir.
Amino asitlerin sınıflandırılması
Proteinin yapısına giren prolin ve hidroksiprolin serbest amino grubu yerine karbon atomunda imino grubu taşır. Bu nedenle amino asit değil esasında imino asittirler.
Standart Amino Asitlerin Sınıflandırılması
Amino asitler yan zincirlerine göre yük taşıyan (pozitif veya negatif yüklü), aromatik zincir taşıyan, alifatik zincir taşıyan amino asitler olarak sınıflandırılabilir. Nonpolar, alifatik R gruplu amino asitler Genellikle nonpolar, aromatik R gruplu amino asitler Polar, fakat yüksüz R gruplu amino asitler Negatif yüklü R gruplu amino asitler Pozitif yüklü R gruplu amino asitler
onpolar R Gruplu
Amino Asitler Glisin, alanin, valin, lösin, izolösin, alifatik yan zincirli; Metionin, kükürt içeren; Prolin, siklik; Fenilalanin ve triptofan aromatik yan zincirlidir.
Polar R Gruplu
Amino asitler Asparajin ve glutamin, sırasıyla aspartik asit ve glutamik asidin amidi; Serin, treonin ve tirozin hidroksil gruplu; Sistein kükürt içeren amino asittir.
Sistein, sistin diye adlandırılan bir kovalent bağlanmış dimerik amino asit şekline okside olabilir. Sistinde iki sistein molekülü bir disülfit köprüsü vasıtasıyla birbirine bağlanmıştır.
Esansiyel ve esansiyel olmayan amino asitler
Esansiyel amino asitler: Vücutta sentezlenemezler, dışarıdan alınmaları zorunludur. Bunlar;
Valin, lösin, izolösin, treonin, metionin, fenilalanin, triptofan, lizin ve gelişmekte olanlarda arjinin ile histidin
Esansiyel olmayan amino asitler
Vücutta glikoliz ve sitrat döngüsündeki ara ürünlerden sentezlenebilirler. Bunlar;
Glisin, alanin, serin, sistein, prolin, tirozin, glutamat, glutamin, aspartat, asparajin ve erişkinlerde arjinin ile histidin